Le 27 septembre 1940, le Japon, l'Allemagne et l'Italie signèrent le Pacte tripartite. Le 7 décembre 1941, la base navale américaine de Pearl Harbour dans l'Océan pacifique fut bombardée par le Japon, qui occupa ensuite sans problème la Birmanie, Malaka, Singapour et les Indes néerlandaises. La flotte alliée, sous les ordres de l'amiral Karel Doorman, perdit la bataille de la mer de Java, au cours de laquelle presque tous les navires australiens, britanniques, amé ricains et néerlandais furent coulés. Des milliers de marins, dont 900 Né erlandais, périrent.

Sur terre, les troupes néerlandaises durent capituler au bout de trois mois. Dans les mois qui suivirent, tous les Néerlandais furent internés dans des camps, hommes et femmes séparés. Pour les Néerlandais qui avaient formé l'élite aux Indes néerlandaises, l'humiliation était grande. Par ailleurs, les Japonais traitaient mal leurs prisonniers, les camps étaient soumis à une discipline stricte et la nourriture était particulièrement chiche, ce qui coûta la vie à beaucoup d'entre eux.
Au début, la population indonésienne ne sut pas quelle attitude adopter.

Les Japonais venaient-ils en libérateurs ou en occupants ? Avant que la guerre n'éclate, il y avait déjà en Indonésie un mouvement national, mené par Soekarno et son Parti national indonésien (PNI), que les Japonais utilisaient pour leurs propres desseins. Toute l'Indonésie fut subordonnée aux objectifs de guerre du Japon, et des centaines de milliers d'Indonésiens furent soumis au travail obligatoire, tout comme les prisonniers néerlandais. À l'été 1942, les États-Unis réussirent à stopper l'avancée japonaise. Le marine américaine gagna la grande bataille dans la mer de Corail (7-8 mai 1942) et la bataille de Midway (3-6 juin 1942).

Après la conquête des îles du Pacifique, les États-Unis atteignirent les Philippines en octobre 1944. Les bombardements de Nagasaki et d'Hiroshima, les 6 et 9 août 1945, mirent fin à la guerre. À Hiroshima, 140 000 personnes furent tuées. À Nagasaki, la bombe fit environ 70 000 victimes. La capitulation fut signée le 2 septembre 1945 et le Japon commença à évacuer les régions occupées.