In de Bartholomeüsnacht (de Parijse Bloedbruiloft) werden in Parijs op 24 augustus van dat jaar de belangrijkste leiders van de hugenoten vermoord, waaronder de belangrijkste medestander van Willem, De Coligny. Nog drie dagen zou de slachting onder de hugenoten duren, waarbij meer dan 20.000 hugenoten het leven verloren. Hulp tegen Alva van Franse zijde was voorlopig verkeken. Inmiddels trok Alva met zijn leger noordwaarts en veroverde stad na stad. Alleen Alkmaar bleef behouden. Na Alva’s vertrek in 1573 volgde don Luis de Requesens y Zuniga hem als landvoogd op. Door diens zwakke optreden en zijn dood drie jaar later, boekte Willem belangrijke successen. In 1576 sloten alle zeventien gewesten de zogenaamde ‘Pacificatie van Gent’, waarbij ook afspraken werden gemaakt over de godsdienstkwestie. De wetten tegen de ketterij werden geschorst, totdat de voltallige Staten-Generaal over de godsdienstvrijheid een beslissing zou nemen. Deze godsdienstkwestie zou uiteindelijk leiden tot een definitieve scheuring tussen de noordelijke en zuidelijke Nederlanden.

De zoon van Margaretha van Parma, Alexander Farnese, prins van Parma, werd in 1578 de nieuwe landvoogd. Hij wist de zuidelijke gewesten, die voornamelijk katholiek waren gebleven, weer aan het Spaanse koninklijk gezag te onderwerpen. Hij sloot op 6 januari 1579 de Unie van Atrecht. Als reactie daarop werd op 23 januari 1579 de Unie van Utrecht tussen de zeven noordelijke gewesten gesloten. Een belangrijke bepaling was dat de godsdienstkwestie door de gewesten naar eigen goeddunken moest worden geregeld, maar dat niemand vanwege het geloof mocht worden vervolgd. Willem van Oranje beschouwde de scheuring tussen de noordelijke en zuidelijke Nederlanden als een persoonlijke nederlaag.

De opstanden in 1568 en 1572 had Willem van Oranje uit eigen zak bekostigd en brachtten hem nagenoeg aan de bedelstaf. Hij was, van één van de machtigste mannen van zijn tijd, geworden tot een man met vele schulden. Door zijn volk werd hij op handen gedragen en liefkozend ‘Willem-Vader’ genoemd. Zijn tegenstanders hadden hem een andere naam gegeven, Willem de Zwijger, daar zij meenden dat Willem zweeg op momenten dat hij juist had moeten spreken. Algemeen wordt erkend dat Willem van Oranje een unieke persoonlijkheid moet zijn geweest vanwege zijn moed om in opstand te komen tegen twee van zulke machtige tegenstanders als de Spaanse koning en de katholieke kerk.
Toen hij door Filips II in 1580 in de ban werd gedaan, schreef hij met behulp van zijn predikant Villiers, zijn beroemd geworden Apologie, waarin hij theorie ën ontvouwde over het recht van opstand tegen een tot tiran geworden heerser. De zeven gewesten reageerden op de vogelvrijverklaring van Willem in 1581 met het ‘Plakkaat van Verlatinghe’. Hierin verklaarden de gewesten onder andere dat ze Filips II niet meer als soevereine landsheer beschouwden, mede omdat hij zijn plichten ten opzichte van zijn onderdanen niet was nagekomen.

In 1582 werd er een aanslag op Willem van Oranje gepleegd. Zijn derde vrouw Charlotte de Bourbon, met wie hij in 1575 was getrouwd, nam persoonlijk de verpleging op zich. Dat deed ze met zoveel toewijding dat ze eraan bezweek. In het jaar 1584 lukte het dan toch. Willem van Oranje werd door Baltasar Gérards in de Prinsenhof in Delft vermoord. Hij liet zijn vierde vrouw Louise de Coligny, dochter van de belangrijke leider van de hugenoten, en zijn zoontje Frederik Hendrik achter.
Na de dood van Willem kwamen de Staten-Generaal bijeen en besloten dat de strijd zou worden voortgezet. Bij deze vergadering was ook Maurits aanwezig, de zeventienjarige zoon van Willem van Oranje. De situatie van de opstandige gewesten verslechterde snel. De hertog van Parma veroverde Antwerpen, de belangrijkste stad van de Nederlanden. Veel inwoners trokken daarop naar Amsterdam, dat de rol van Antwerpen als handelsstad zou gaan overnemen. De Staten-Generaal raakten er meer dan ooit van overtuigd dat alleen geweld een oplossing tegen de Spaanse overheersing kon bewerkstelligen.

De soevereiniteit over de vrije Nederlanden werd achtereenvolgens aangeboden aan Hendrik III, koning van Frankrijk en aan de Engelse koningin Elisabeth. Beiden waren echter bang voor oorlog met Spanje, als ze dat aanbod zouden aannemen. Elisabeth stuurde wel de graaf van Leicester met een leger naar de Nederlanden. Deze liet zich tegen de wil van zijn koningin uitroepen tot landvoogd. Hij regeerde echter geheel buiten de Staten-Generaal om en verloor al snel het vertrouwen. In 1588 besloten de Staten-Generaal niet verder te zoeken naar een nieuwe landvoogd en namen ze de soevereiniteit zelf op zich. Hiermee was de Republiek der Verenigde Nederlanden een feit.