La République des Provinces-Unies était devenue vers 1600 une puissance avec laquelle il fallait compter. Dès 1596 la France et l'Angleterre avaient conclu avec elle une triple alliance, ce qui impliquait sa reconnaissance de facto par ces deux pays. Cette alliance plaçait la guerre contre l'Espagne dans le cadre d'une vaste campagne dirigée contre les Habsbourg par la France. En 1600, les É tats généraux, prêtant l'oreille aux marchands hollandais, confiaient au stathouder Maurice, capitaine-général des armées et amiral de la flotte, la mission d'occuper les villes de la côte flamande et de détruire ce nid de corsaires qu'était Dunkerque, car ses raids gênaient considérablement le commerce maritime hollandais, alors en plein essor. Le prince était hostile à cette expédition, mais il obéit et entra en campagne. Son armée rencontra celle de l'archiduc Albert, gouverneur des Flandres et gendre du roi d'Espagne Philippe II, dans les dunes de Nieuport. La bataille tourna à l'avantage des Hollandais, mais malgré cette victoire le prince ne put conquérir aucune des villes de la côte flamande ni réduire Dunkerque. Les combats se poursuivirent plus longtemps sur mer, et en 1607 Jacob van Heemskerck vainquit une flotte espagnole au large de Gibraltar au terme d'une bataille qui lui coûta d'ailleurs la vie ; cette première grande victoire d'une flotte de la république constituait un grand succès stratégique.

En 1608 s'ouvrirent à La Haye des pourparlers de paix entre l'Espagne et la République des Provinces-Unies, en présence de représentants de l'Angleterre et de la France. Les discussions aboutirent en 1609 à un accord sur une trêve de douze ans. Le prince Maurice aurait voulu poursuivre la lutte, mais le grand pensionnaire Van Oldenbarnevelt souhaitait la paix. A ce désaccord politique entre les deux hommes les plus puissants de la république s'ajouta un autre sujet de discorde, né d'une querelle théologique qui opposait, au sein de l'É glise réformée, les Arminiens et les Gomaristes. Le prince prit fait et cause pour les Gomaristes, partisans d'une ligne orthodoxe, tandis que Van Oldenbarnevelt se rangeait du côté des Arminiens. La querelle prit une telle ampleur qu'elle faillit déclencher une guerre civile. Un synode réuni à Dordrecht en 1618 se prononça pour les Gomaristes ; aussitôt un tribunal d'exception condamna Van Oldenbarnevelt pour haute trahison et le 13 mai 1619 le vieil homme fut décapité à La Haye. Mais le comportement du prince dans cette affaire ébranla sérieusement, et pour longtemps, la confiance qui avait si longtemps régné entre les États généraux et la maison d'Orange.

Officiellement, la trêve de Douze Ans devait s'achever en 1621. Beaucoup voulaient la transformer en paix définitive, mais les exigences exorbitantes des Espagnols rendirent la rupture inévitable. Si les opérations sommeillèrent tant que vécut le prince Maurice, tout changea à sa mort le 23 avril 1625. Lui succé da en effet son demi-frère Frédéric Henri, comte de Nassau et prince d'Orange, fils cadet de Guillaume le Taciturne et de sa femme Louise de Coligny. Ce soldat qui était formé à l'école du prince Maurice et du mathématicien Simon Stevin, ingénieur militaire dans les armées de la République, relança aussitôt les opé rations et emporta tant de villes encore tenues par les Espagnols qu'on l'appela bientôt le " Poliorcète ", ou Preneur de Villes. En désespoir de cause, l'Espagne envoya en 1639 une seconde Armada transportant vingt mille hommes qui devaient mater la petite république rebelle, mais l'amiral Maarten Harpetsz. Tromp prit la mer à la tête d'une escadre qui, bien que très inférieure en nombre, écrasa la flotte espagnole au large de Duins.