De Republiek was rond 1600 een mogendheid van betekenis geworden. Frankrijk en Engeland hadden al in 1596 een drievoudig verbond gesloten, waarmee deze landen de Republiek in feite hadden erkend. Door dit verbond werd de oorlog tegen Spanje onderdeel van een grote anti-Habsburgse campagne, die door Frankrijk werd geleid. In 1600 moest Maurits, stadhouder, kapitein-generaal en admiraal van de vloot op last van de Staten-Generaal en de Hollandse kooplieden de Vlaamse kuststeden bezetten en het kapersnest Duinkerken uitroeien. Deze kapers bezorgden de opkomende Hollandse koopvaardij veel overlast. De expeditie was zeer tegen de zin van Maurits, maar hij vertrok toch. In de duinen bij Nieuwpoort raakte hij slaags met de aartshertog Albrecht, landvoogd en schoonzoon van de Spaanse koning Filips II. Maurits wist deze Slag bij Nieuwpoort te winnen, maar slaagde niet in zijn missie de Vlaamse steden en Duinkerken te veroveren. Ook op zee ging de strijd door, waarbij Jacob van Heemskerck in 1607 een Spaanse vloot nabij Gibraltar overwon. Het was de eerste grote overwinning op zee door een vloot van de Republiek en was van grote strategische waarde. Van Heemskerck zelf sneuvelde tijdens de gevechten.

In 1608 vonden in Den Haag vredesonderhandelingen plaats tussen Spanje en de Republiek, waarbij ook Engeland en Frankrijk aanwezig waren. In 1609 mondde dit uit in het Twaalfjarig Bestand. Maurits had graag gezien dat de strijd zou worden voortgezet, terwijl raadpensionaris Van Oldenbarnevelt juist een voorstander was van vrede. Ook een ander probleem speelde een rol tussen de twee machtigste mannen van de Republiek. In de gereformeerde kerk ontstond een groot theologisch conflict tussen twee groepen: de Remonstranten en Contra-Remonstranten. Maurits koos de zijde van de Contra-Remonstranten, die orthodox in de leer waren, terwijl Van Oldenbarnevelt de zijde van de Remonstraten koos. Even dreigde dit conflict uit te lopen op een burgeroorlog. Tijdens een grote synode in Dordrecht in 1618 zijn het de Contra-Remonstranten die winnen. Van Oldenbarnevelt werd door een speciale rechtbank schuldig bevonden aan hoogverraad en op 13 mei 1619 in Den Haag terechtgesteld. Met name door de opstelling van Maurits in de geloofskwestie, werd het vertrouwen voor lange tijd geschaad tussen de Staten-Generaal en de Oranjes.

In 1621 loopt het Twaalfjarig Bestand formeel af. Aanvankelijk wilde men het Bestand laten overgaan in een definitieve vrede, maar dat stuitte af op te hoge Spaanse eisen. Op 23 april 1625 stierf Maurits. Hij werd opgevolgd door Frederik Hendrik, graaf van Nassau en prins van Oranje. Hij was de jongste zoon van Willem van Oranje en diens vrouw Louise de Coligny. Frederik Hendrik hervatte na de dood van Maurits de in de laatste jaren nagenoeg gestaakte oorlog tegen de Spanjaarden. Hij veroverde veel steden op de Spaanse bezetter, waardoor hij de naam ‘Stedenbedwinger’ kreeg toegemeten. Zijn militaire training had hij gekregen van Maurits en Simon Stevin, een wiskundig ingenieur in dienst van Maurits.

In 1639 werd een tweede Spaanse Armada naar de Nederlanden gezonden, met aan boord 20.000 man, in een poging de opstandige Staten alsnog op de knieën te dwingen. Admiraal Maarten Harpertsz. Tromp trok met een veel kleinere vloot ten strijde en vernietigde de Spaanse vloot nabij Duins.