De zuidelijke Nederlanden waren ondanks de overwinningen van Frederik Hendrik nog steeds grotendeels in Spaanse handen en katholiek. Met Frankrijk waren al onderhandelingen gevoerd over de verdeling van de zuidelijke Nederlanden. Op 14 maart 1647 stierf Frederik Hendrik. In Münster begonnen de vredesbesprekingen tussen Frankrijk, Spanje en de Republiek, die in 1648 resulteerde in de Vrede van Münster, waarbij de koning van Spanje de Republiek der Vereenigde Nederlanden erkende als vrij en soeverein land. Ook de Duitse keizer erkende de onafhankelijkheid, waarmee officieel een einde kwam aan de band tussen het Duitse Keizerrijk en de Republiek. De bestaande frontlinie werd de grens. Dit betekende dat de Republiek een aantal veroverde gebieden kon gaan besturen, zowel in Brabant, Vlaanderen en Limburg, als in Oost- en West-Indië. De gebieden in de zuidelijke Nederlanden kwamen onder direct bestuur van de Staten-Generaal, waardoor deze gebieden ook wel de ‘Generaliteitslanden’ werden genoemd. Met de Vrede van Münster kwam een einde aan tachtig jaar oorlog met Spanje.
Willem II, zoon van Frederik Hendrik en Amalia van Solms, volgde zijn vader op als stadhouder. In 1641 trouwde Willem II met de tienjarige Mary Stuart, dochter van Karel I van Engeland. Willem II was evenals zijn vader een felle tegenstander van vrede met Spanje, terwijl de Staten zich eindelijk verlost zagen van de geldverslindende oorlogen. Ze staakten dan ook de betaling van de troepen, waarop Willem Amsterdam bezette om zijn eis de legers op sterkte te houden kracht bij te zetten. Op 6 november 1650 stierf Willem aan kinderpokken. Op 14 november werd Willem III geboren. Zijn moeder Mary Stuart, zijn grootmoeder Amalia van Solms en zijn oom de keurvorst van Pruisen kregen de voogdij over de jonge prins. Na de dood van zijn moeder in 1661 namen de Staten van Holland de opvoeding voor hun rekening, waardoor hij ‘kind van de staat’ werd genoemd. In 1653 werd Johan de Witt raadpensionaris van Holland en daarmee een van de invloedrijkste personen in de Republiek. De periode van 1650 tot 1672 wordt aangeduid als het ‘Eerste Stadhouderloze Tijdperk’.