En 1804 Napoléon Bonaparte concentra entre ses mains tous les pouvoirs et se fit couronner empereur des Français. Il négocia avec Rutger Jan Schimmelpenninck, représentant des Pays-Bas, l'établissement dans la République Batave d'un chef unique de l'exécutif, auquel on allait donner le titre de " grand pensionnaire ". La réforme fut soumise à l'approbation des électeurs né erlandais ; les abstentions furent très nombreuses, mais la réforme fut approuv ée, et c'est Schimmelpenninck qui fut choisi. Napoléon espéra accroître ainsi son emprise sur la république, qui pouvaient lui être très utile dans sa lutte contre l'Angleterre. Schimmelpenninck n'allait pas rester longtemps en fonction, mais il allait appliquer de profondes réformes en centralisant les finances publiques et les impôts, en organisant les postes, en réglementant l'exercice de la médecine, en codifiant l'orthographe et en faisant promulguer une loi sur l'enseignement.

Napoléon espérait ruiner l'Angleterre en imposant son " Blocus continental " , qui interdisait aux alliés de la France et aux pays neutres tout commerce par mer avec les îles britanniques. Les Anglais réagirent en bloquant tous les ports européens, ce qui suscita une intense contrebande sur les côtes néerlandaises. L'Empereur voulut alors reprendre en main ce pays rétif et nomma en 1806 son fr ère Louis Napoléon (1778-1846) roi de Hollande, transformant ainsi la Ré publique batave en Royaume de Hollande. Mais le nouveau roi mena une politique indépendante, s'efforçant de comprendre la mentalité de ses sujets et de dé fendre leurs intérêts ; par exemple, il tolérait tacitement la contrebande avec l'Angleterre. C'est lui qui créa l'Institut Royal des Sciences, des Lettres et des Beaux-Arts et créa la collection qui fut à l'origine du Rijksmuseum à Amsterdam. Mécontent du peu d'empressement que mettait son frère à servir ses intérêts, l'Empereur annexa en 1810 les Pays-Bas méridionaux ; quelques mois plus tard, le roi abdiqua, et l'ensemble du royaume fut annexé à la France. Ce furent dorénavant les lois françaises qui s'y appliquèrent, ce qui entraîna par exemple la création d'un état civil, mais aussi l'établissement de la conscription. Lorsque Napoléon commença en 1812 la campagne de Russie, son armé e comptait 15 000 conscrits néerlandais ; quelques centaines seulement en revinrent.

En 1813, l'Empereur fut battu à Leipzig. Les troupes françaises commencèrent à se retirer des Pays-Bas, et à Amsterdam il y eut quelques échauffourées aux cris de " Vive Orange ". Deux régents orangistes, Van Hogendorp et le comte Van der Duyn van Maasdam, lancèrent une proclamation dans laquelle ils annonçaient qu'ils prenaient le pouvoir en attendant le retour du prince héritier Guillaume Frédéric, fils du stathouder Guillaume V. Le prince débarqua le 30 novembre 1813 à Scheveningen, accepta la souveraineté qu'on lui offrait et promit de respecter la constitution. Bientôt il se fit appeler Guillaume Ier et, en 1815, il se proclama roi des Pays-Bas.