Les Habsbourg ont régné, avec quelques interruptions, sur le Saint Empire romain germanique de 1273 à 1806. Encore avant son mariage avec Maximilien d'Autriche, Marie de Bourgogne, alors âgée de dix-neuf ans, proclama en 1477 le " Grand Privilège " sous la pression des États généraux qui voulaient retrouver leurs privilèges perdus. Ce texte prévoyait notamment l'abolition du Parlement de Malines et de la Chambre centrale des Comptes, qui furent remplacés par le Grand Conseil de Malines. Par ailleurs, les États généraux avaient désormais le droit de se réunir de leur propre initiative, sans être convoqués. La Flandre, la Hollande, le Brabant et Namur se virent octroyer d'importants privilèges. Toutes ces mesures devaient permettre d'éviter la désintégration des Pays-Bas. Mais dès la mort de Charles le Téméraire, Louis XI occupa le duché de Bourgogne et envoya ses troupes vers le nord. En septembre 1477, un armistice fut signé entre Maximilien d'Autriche et le roi de France. Toutefois, l'année suivante, les possessions françaises de Charles le Téméraire furent confisquées, à Paris, et la guerre reprit de plus belle. Grâce à une victoire de Maximilien sur les armées françaises, Marie de Bourgogne conserva la Flandre. En 1482, Marie de Bourgogne mourut à la suite d'une chute de cheval. Son fils âgé de trois ans, Philippe le Beau, lui succéda, Maximilien assura la régence. La Flandre et le Brabant, qui s'opposaient vivement à la régence, ne reconnurent l'autorité de Maximilien d'Autriche qu'après que celui-ci eut signé le traité d'Arras avec la France. Ils exigèrent aussi que sa fille, alors âgée de deux ans, épouse Charles VIII (âgé de treize ans) ; la Bourgogne devint ainsi possession française.

En 1493, Maximilien d'Autriche succéda à son père sur le trône du Saint Empire. Philippe le Beau, devenu adulte, régnait sur l'ensemble des provinces des Pays-Bas. Sa mort soudaine en 1506 amena Maximilien à assurer pour la deuxi ème fois la régence. Celui-ci nomma sa fille Marguerite d'Autriche gouvernante des Pays-Bas, le fils de Philippe le Beau, le futur Charles Quint, étant encore trop jeune pour régner.