Het Habsburgse vorstenhuis regeerde, met onderbrekingen, van 1273 tot 1806 over het Heilige Roomse Rijk. Maria van Bourgondië vaardigde nog voor haar huwelijk met Maximiliaan I van Oostenrijk, op 19-jarige leeftijd in 1477 het ‘ Groot-Privilege’ uit. Dit gebeurde onder druk van de Staten die hun oude privileges weer terug wilden. In het Privilege werd onder meer bepaald dat het Parlement van Mechelen en de Centrale Rekenkamer werden afgeschaft en vervangen door de grote Raad van Mechelen. De Staten-Generaal en de gewestelijke Statenvergaderingen mochten voortaan op eigen gezag bijeenkomen. Vlaanderen, Holland, Namen en Brabant kregen eigen privileges. Door deze maatregelen werd het uiteenvallen van de Nederlanden voorkomen. Maar na de dood van Karel de Stoute bezette de Franse koning Lodewijk XI direct het hertogdom Bourgondië en stuurde hij zijn leger naar het noorden. In september 1477 werd er een wapenstilstand gesloten tussen de echtgenoot van Maria van Bourgondië, Maximiliaan I van Oostenrijk, en Lodewijk XI. In 1478 werden echter in Parijs de Franse landen van Karel de Stoute verbeurd verklaard en begon de oorlog opnieuw. Na een overwinning van Maximiliaan op het Franse leger, bleef Vlaanderen voor Maria behouden.

In 1482 stierf Maria van Bourgondië door een val van haar paard. Haar driejarig zoontje Filips de Schone volgde haar onder regentschap van zijn vader Maximiliaan op. Vlaanderen en Brabant hadden grote bezwaren tegen dit regentschap en erkenden Maximiliaan pas nadat hij de vrede van Atrecht met Frankrijk had gesloten. Ook moest zijn tweejarig dochtertje huwen met de dertienjarige Franse Karel VIII. Bourgondië werd als rechtmatig Frans eigendom beschouwd.

In 1493 volgde Maximiliaan zijn vader op als keizer van Duitsland. Zijn inmiddels volwassen zoon Filips de Schone nam het bestuur van de Nederlanden op zich en trouwde met Johanna van Aragon. Na de plotselinge dood van Filips de Schone in 1506, nam Maximiliaan opnieuw het bestuur over de Nederlanden op zich. Als landvoogdes werd zijn dochter Margaretha van Savoye aangesteld. De zoon van Filips de Schone, Karel V, was nog te jong.