Filips II, geboren en getogen in Spanje, voelde zich voor alles Spanjaard. De Nederlanden kende hij slecht, hij sprak de taal niet en ook de mentaliteit van de Nederlanders was hem vreemd. Filips stelde zijn halfzuster Margaretha van Parma (1522-1586) aan als landvoogdes over de Nederlanden. Hij handhaafde het traditionele centralistische regeringssysteem van zijn vader. De Raad van State zag haar taak echter vaak overgenomen door de ‘Spaanse Raad’, waarin privé -adviseurs van Filips zitting hadden. De edelen, waaronder Willem van Oranje, stadhouder van Holland, Zeeland, West-Friesland en Utrecht, vroegen Filips om meer invloed in het landsbestuur en het vertrek van de Spaanse troepen. Filips zegde dit laatste toe en vertrok voorgoed naar Spanje. Zijn aanwezigheid in de Nederlanden was, mede door het winnen van de oorlog met Frankrijk en de vrede die daar in 1559 op volgde, niet meer van groot belang. Bovendien wachtten hem in Spanje ook de nodige problemen, zoals een lege schatkist en zijn strijd tegen het Ottomaanse Rijk in het Zuiden.

Met het vertrek van de Spaanse troepen was het verzet van de hoge adel tegen de politiek van Filips en Margaretha niet voorbij, want ook de felle kettervervolgingen en Margaretha’s adviseur Antoine-Pernot, heer van Granvelle, waren de adel een doorn in het oog. Granvelle hield de edelen buiten de beraadslagingen van de Raad van State. Mede onder invloed van Margaretha werd hij in 1564 door Filips ontslagen.

Drie leden van de Raad van State gelden als initiatiefnemers tot het verzet tegen Filips II en zijn adviseurs. Dit waren de graaf van Egmond, de graaf van Hoorne en Willem van Nassau, prins van Oranje. Deze laatste werd geboren op het stamslot van de Nassaus, te Dillenburg (Duitsland), als zoon van Willem de Rijke en Juliana van Stolberg. In 1544 werd hij door de dood van zijn Franse neef René van Châlon-Orange, prins van Oranje en erfde hij rijke bezittingen in Frankrijk en de Nederlanden. In 1551 werd zijn bezit nog vergroot door zijn huwelijk met Anna van Egmond van Buren. Willem was opgevoed in de protestantse leer. Maar om zijn erfenissen als zijn eigendom te mogen beschouwen, eiste Karel V dat hij terugkeerde tot het katholieke geloof.

Willem van Oranje was een van de rijkste en machtigste mannen uit zijn tijd. Tijdens de troonsafstand van Karel V, leunde de oude en teleurgestelde vorst bij binnenkomst in de grote zaal van het Paleis in Brussel op de schouders van Willem van Oranje. Filips II, zoon en opvolger van Karel V, benoemde Willem tot lid van de Raad van State en hij werd opgenomen in de belangrijke Orde van het Gulden Vlies. Willem van Oranje bleef zich - samen met de andere edelen - echter verzetten tegen de centralistische politiek van de Spaanse koning. Ook in godsdienstige zaken nam hij een tolerant standpunt in. Na de dood van zijn eerste vrouw Anna van Egmond trouwde hij met de lutherse Anna van Saksen, die hij toestond luthers te blijven. Uit dit huwelijk werd zijn zoon Maurits geboren.