Het herstel van de positie van Willem V door de Pruisische interventie leidde slechts tot een schijnredding van zijn stadhouderschap. De vele patriotten die naar Frankrijk waren gevlucht en daar de revolutie hadden meegemaakt, putten hoop uit deze omwenteling om ook in de Republiek een omverwerping van de regentendictatuur te bewerkstelligen. De aanzet werd gegeven door de oorlogsverklaring in 1792 door Frankrijk aan Oostenrijk en Pruisen. Franse troepen bezetten opnieuw de zuidelijke (Oostenrijkse) Nederlanden, maar werden daar weer door Oostenrijkse troepen uit verdreven. Een jaar later, in 1793, verklaarde Frankrijk de oorlog aan de Republiek en Engeland en lukte het de Fransen nu wel definitief zuidelijk Nederland te bezetten. In 1795 werden Utrecht en Amsterdam door Franse troepen bezet. Willem V vluchtte naar Engeland. In heel Nederland werden vrijheidsbomen geplant. Ging de revolutie in Frankrijk gepaard met veel bloedvergieten, in Nederland werd de omverwerping van het oude bestel de ‘fluwelen revolutie’ genoemd. Overal werden de zittende regenten vervangen door patriotten en werd de Staten-Generaal vervangen door een Nationale Vergadering. Deze kon worden gekozen door alle mannelijke inwoners van twintig jaar en ouder, die aan bepaalde voorwaarden voldeden. In de ‘Bataafse Republiek’ zouden voortaan ook de idealen van de Franse revolutie gaan gelden.

In 1795 werd tussen Frankrijk en de Republiek het ‘Haagse Verdrag’ getekend. Hierin werd onder andere bepaald dat de Republiek met de helft van zijn leger en vloot de Fransen zou steunen, 25.000 man Franse troepen moest onderhouden, er een schadeloosstelling van 100 miljoen gulden aan Frankrijk moest worden betaald en de steden Venlo en Maastricht in Franse handen zouden komen. Dankzij het optreden van de voorzitter van de nog fungerende Staten-Generaal, Pieter Paulus, werden nog hardere maatregelen afgezwakt. Vanwege het Haagse Verdrag verklaarde Engeland de Republiek de oorlog en bezette de koloniën.

Vanuit de Nationale Vergadering werd in 1796 een comité ingesteld voor het opstellen van een grondwet. Men werd het aanvankelijk niet eens over de handhaving van de gewestelijke autonomie danwel de omvorming tot een centraal geregeerde eenheidsstaat. Er werden zelfs diverse pogingen gedaan tot een staatsgreep. Uiteindelijk kregen in 1798 de voorstanders van de eenheidsstaat de overhand. Naast centralisatie werd ook de gelijkstelling van alle geloofsstromingen als een vernieuwing in de Republiek doorgevoerd. Voor het eerst sinds de Tachtigjarige Oorlog konden ook niet-protestanten actief aan het politieke leven deelnemen.