De geschiedenis van de huidige Republiek Indonesië begint bij de Nederlandse VOC: de Verenigde Oostindische Compagnie. De VOC dreef handel met inheemse vorsten op de eilanden van de Indische archipel en stichtte nederzettingen, waaronder Batavia (het huidige Jakarta). Van een echte kolonie was heel lang geen sprake. De Hollanders hadden lang niet overal de macht, daarvoor waren de Indische vorsten te onafhankelijk.

Die situatie veranderde in de negentiende eeuw. Rond 1830 kreeg Nederland de macht op Java, na het winnen van de zware Java-oorlog tegen vorst Diponegoro. Nu Nederland op dit grote eiland geen rekening meer hoefde te houden met Indische vorsten, kon er beter worden bestuurd.

Door een nieuw landbouwstelsel - het 'cultuurstelsel' - moesten Indische boeren verplicht één vijfde van hun grond voor het Nederlands bestuur bebouwen, bij wijze van belasting. Economisch was dit een zeer groot succes. De Nederlandse schatkist werd goed gespekt, maar wel ten koste van de Indische bevolking. Door het boek 'Max Havelaar' van Multatuli werden deze misstanden ook in Nederland bekend. In 1870 werd het cultuurstelsel afgeschaft.

Ondertussen was Nederland begonnen om de overige eilanden van de archipel te veroveren. Dat het koloniale leger, het KNIL, hardhandig te werk ging, bleek bijvoorbeeld in de Atjeh-oorlog, waarin tienduizenden slachtoffers vielen. Na het beëindigen van deze oorlog in 1904, had Nederlands-Indië zijn huidige vorm. De eilanden stonden nu onder één bestuur en vormden één land in plaats van een reeks onafhankelijke eilanden.