Willem van Oranje streefde in 1572 naar eenheid tussen de aanhangers van de verschillende geloven. In de stadsbesturen benoemde hij protestanten, katholieken en mensen die twijfelden tussen de religies. Maar het was vanaf 1573 verboden om katholieke kerkdiensten te houden. Iedereen mocht geloven wat hij wilde, maar trouwen of kinderen laten dopen kon alleen in de gereformeerde kerk.

Veel katholieke kerkgebouwen werden protestants. Holland en Zeeland namen kerkschatten in beslag om de oorlog tegen Spanje te bekostigen. De paus trok zijn bisschop uit Utrecht terug, maar sommige priesters gingen door. Zij hielden katholieke diensten in zogenaamde schuilkerken, woningen of schuren waar van buiten niets aan te zien was, maar die van binnen als kerk waren ingericht.

Maurits, de zoon van Willem van Oranje, ging een stap verder dan zijn vader. Bij het benoemen van stadsbestuurders en rechters zocht hij "vrome en gekwalificeerde personen die loyaal zijn aan de christelijke religie van het vaderland".

Het gereformeerde geloof was niet verplicht, maar vergrootte wel de kans op een benoeming in een hoge positie. De nieuwe bestuurders lieten ook de armenzorg voortaan via de protestantse kerk lopen. Protestantse stadsscholen kregen het monopolie op de vakken Frans, rekenen en schrijven.

Buiten de steden kregen katholieken meer ruimte. Rondreizende priesters werden meestal gedoogd. Ongetrouwde katholieke vrouwen gaven wat onderwijs. Het aantal katholieken groeide zelfs iets, tot ruim één derde van de bevolking. Maar het duurde tot 1795 voor de katholieken gelijke rechten kregen.